주선천성기형 등록사업은 질병관리본부 심혈관 희귀질환과에서 연구진행관리를 총괄하고, 웹기반으로 자료관리시스템을 사업수행기관에 제공한다. 주관 연구기관은 연구과제수행을 총괄하며, 연구 프로토콜 및 매뉴얼 작성, 연구참여자 교육, 입력자료 품질 관리를 수행한다. 공동연구기관은 기관별 IRB 심의를 받고, 연구 코디네이터 교육을 수행하며, 피험자 등록 및 자료 수집을 수행하고, 입력자료의 품질관리를 수행한다. 품질관리를 수행한 공동연구기관은 주관연구기관으로 연구진도를 보고하고, 보고받은 주관연구기관은 질병관리본부 심혈관·희귀질환과로 연구진도를 보고하고 결과보고서를 제출한다.